一、本事項依據「海關管理保稅工廠辦法」第六十條規定訂定之。
二、保稅工廠核准輸入供加工外銷之大陸地區原物料與零組件，及供重整後全數外銷之大陸地區物品之監管依本事項規定辦理，本事項未規定者，依其他有關規定辦理。
三、本事項所稱大陸地區原物料與零組件及相關產品係指經濟部未公告准許輸入之大陸地區原物料與零組件，及與所經營事業項目相關之大陸地區產品，如確有必要，應向經濟部國際貿易局專案申請辦理。
四、保稅工廠得向經濟部國際貿易局申請輸入未經公告准許輸入大陸地區原物料與零組件供加工外銷，或申請輸入與所經營事業項目相關之大陸地區產品，限供重整後全數外銷。
前項核准輸入之大陸地區原物料、零組件及相關產品得申請以原形態或加工、重整後轉售（轉儲）其他保稅工廠、加工出口區區內事業、科學工業園區園區事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或經海關核准登記之物流中心。其相互間轉售（轉儲）未經經濟部公告准許輸入之大陸地區物品，應以逐批方式向海關申報。但科學工業園區園區事業取得自行點驗進出區及按月彙報資格者，得以按月彙報方式辦理，並應於轉售（轉儲）前逐批向科學工業園區管理局申請核准，該局於核准後應將同意文件影本分送買方轄區海關。
前二項所稱「重整」係指「保稅倉庫設立及管理辦法」第三十四條第一項所列之檢驗、測試、整理、分類、分割、裝配、重裝等方式。
四之一、保稅工廠、加工出口區區內事業、科學工業園區園區事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業與物流中心，其相互間轉售（轉儲）未公告准許輸入之大陸地區物品時，應於B２報單「統計方式」欄填列９W，以利海關查核。前述貨物發生退貨退回者，應於B２報單「統計方式」欄填列９X。
保稅工廠進儲未公告准許輸入之大陸地區物品，經重整後或以原形態全數外銷出口時，應於報單借用「買方料號」欄填列CN，以利海關查核。
查核關員應定期或不定期列印「保稅工廠進儲未開放大陸物品清表」及「保稅工廠進儲未開放大陸物品出倉清表」至保稅工廠抽核貨物存倉情形，並繕具查核報告陳核。
五、保稅工廠核准輸入之大陸地區原物料與零組件及相關產品，於進儲保稅工廠期間，若經濟部公告開放為准許輸入之大陸物品項目，則不受第四點規定之限制。
六、保稅工廠核准輸入之大陸地區原物料與零組件及相關產品，應於進口報單上申報中國大陸產製，並註明「本案貨品係依保稅工廠申請輸入大陸地區原物料與零組件及相關產品之輸入條件許可輸入之大陸地區原物料與零組件及相關產品」字樣，並獨立設帳，編列不同料號，相關帳冊上應註明「核准輸入之大陸地區原物料與零組件及相關產品」，以利海關查核。
七、保稅工廠核准輸入之大陸地區原物料與零組件及相關產品進儲時，應於經海關核准之保稅原料倉庫內設置專區儲放，並應設置明顯標誌，以資識別。
八、申報產品單位用料清表時，應向海關報明某項產品用量係使用核准輸入之大陸地區原物料與零組件。其功能、性質相近可以替代之原物料與零組件，亦不得替代流用，應分開另行申請產品單位用料清表。
九、保稅工廠核准輸入之大陸地區原物料與零組件、其產製之保稅成品、次品與呆料，及相關產品等，非經經濟部國際貿易局核准，不得課稅內銷。
前項核准輸入之大陸地區原物料與零組件，不得產製非保稅產品課稅內銷。
保稅工廠如經廢止其登記，其核准輸入之大陸地區原物料與零組件及相關產品之庫存品或其產製之物品、次品及呆料等應予退運出口、銷毀或轉售（轉儲）其他保稅工廠、加工出口區區內事業、科學工業園區園區事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或經海關核准登記之物流中心，非經經濟部國際貿易局核准，不得課稅內銷。
十、保稅工廠核准輸入之大陸地區原物料與零組件加工產製之產品，應獨立設置專帳，編列不同型號或機種代號。成品帳上應註明「使用核准輸入之大陸地區原物料、零組件產製，不得內銷」字樣。
十一、成品出口時，應於出口報單報明「本批出口成品係使用核准輸入之大陸地區原物料與零組件」字樣及監管海關核准「產品單位用料清表」之文號，憑以除帳。
十二、保稅工廠核准輸入之大陸地區原物料與零組件不得申請廠外加工，監管海關為加強稽核，得隨時派員赴廠查核。
十三、保稅工廠核准輸入經濟部未公告准許輸入之相關產品辦理檢驗、測試、修理、維護業務，應獨立設帳並依「保稅工廠提供維修服務監管要點」規定辦理。
十四、保稅工廠應於每月二十日前，將上月核准輸入之大陸地區原物料與零組件及其產製出口之成品暨重整、提供維修服務之未公告准許輸入之相關產品，彙計編製「核准輸入大陸地區原物料與零組件及出口成品與重整、提供維修服務之相關產品數量統計表」，送監管海關核備。
十五、保稅工廠核准輸入之大陸地區原物料與零組件及重整、提供維修服務之相關產品，仍應依海關管理保稅工廠辦法規定辦理年度盤存及結算。
十六、保稅工廠辦理第十五點年度盤存及結算，其盤虧情節重大或經查獲有違法內銷事實或申報不實情事者，應依關稅法及海關管理保稅工廠辦法等有關規定處罰，海關並應將違法情節函知經濟部國際貿易局。