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自由港區事業自主管理作業手冊
財政部關稅總局93年9月30日台總局保字第0931017561號令訂正
財政部關稅總局97年5月6日台總局保字第09710088291號令修正
財政部關稅總局97年12月31日台總局保字第09710269461號令修正
財政部關稅總局99年 4月14日台總局保字第09910049431號令修正
財政部關稅總局
中華民國99年4月
項 目：一、進儲國外貨物之通報
作業單位：港區貨棧、港區事業
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十七條、第十八條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第四條、第五條；關稅法第二十二條第一項
作業要點：
一、港區貨棧
（一）進儲：自國外運入自由港區內之自由港區事業供營運之貨物及自用機器、設備等進儲港區貨棧傳輸進倉資料自主管理事項：
1、接收進口艙單分送資料，貨物預定進儲位置通知（訊息格式：簡51011S）。
2、點收進儲。
3、登錄「XX自由港區貨棧電腦進倉總簿檔」（書表格式：帳務二）。
4、傳輸進倉資料（訊息格式：簡5102、簡5102S）。
5、異常更正。
（二）出倉：自國外運入自由港區內之自由港區事業供營運之貨物及自用機器、設備等進儲港區貨棧通報後出倉自主管理事項：
1、接收F1報單之電腦放行通知（訊息格式：簡5116或簡5116S）。
2、港區事業辦理提領。
3、登錄「XX自由港區貨棧電腦進倉總簿檔」（書表格式：帳務二）出倉。
二、港區事業
自國外進儲貨物之通報自主管理事項：
（一）以報單（F1外貨進儲自由港區；訊息格式：簡5105A或簡5105S）向自由港區事業所在地海關或於進口地海關通報進儲國外貨物。（得依關稅法第二十二條第一項規定委託報關業者辦理）。
（二）接收F1報單電腦放行通知（訊息格式：簡5116或簡5116S）。
（三）向貨物存放處所之港區貨棧、自由港區內之貨櫃集散站、進口貨棧提領貨物。
（四）點收進儲。
（五）登錄「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三）或「XX自由港區事業XX年度自用機器、設備、物料帳」（書表格式：帳務一）。
（六）異常更正。
（七）進儲未稅成車，應登錄帳冊，並於進儲後二十四小時內檢具「進口轎車應行申報事項明細表」送所在地海關作為該成車帳冊附件。
（八）港區事業進儲國外貨物，於貨物進口地海關辦理通報者，依國外貨物進儲自由港區事業於進口地海關通報作業規定辦理。
協調單位：港區管理機關、海關、報關業者、運輸業者
項 目：二、輸往國外貨物之通報
作業單位：港區貨棧、港區事業
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十六條、第十七條、第十八條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第四條、第五條；關稅法第二十二條第一項；自由港區事業輸往國外貨物輸出文件通報作業規定
作業要點：
一、港區貨棧
（一）進儲
港區事業運往國外貨物進儲港區貨棧傳輸進倉資料自主管理事項：
1、提供網頁接收預定進倉資料。
2、點收進儲。
3、登錄「XX自由港區貨棧電腦進倉總簿檔」（書表格式：帳務二）。
4、傳輸進倉證明書或進倉資料（訊息格式：海運簡5259空運簡5201）。
5、異常更正。
（二）出倉
港區事業運往國外貨物進儲港區貨棧通報後出倉自主管理事項：
1、接收F5報單電腦放行通知（訊息格式簡5204或簡5204S）
2、登錄「XX自由港區貨棧電腦進倉總簿檔」（書表格式：帳務二）出倉。
3、裝併櫃裝車加封作業。
4、出口貨櫃清單作業。
5、裝船機或開具運送單作業。
二、港區事業
運往國外貨物之通報自主管理事項：
（一）向港區貨棧傳輸預定進倉資料及列印出口貨物進倉申請書。
（二）出倉單及出倉運入港區貨棧作業。
（三）自由港區事業輸往國外貨物，涉及國際規範或承諾，依本條例第十六條及「自由港區事業輸往國外貨物輸出文件通報作業規定」等規定，向目的事業主管機關申請相關輸出許可文件，以電腦傳輸資料或書面文件通報海關辦理查核，未經查核者，海關不予核銷或簽署。
（四）以報單（F5自由港區貨物出口；訊息格式為簡5203A或簡5203S）向自由港區事業所在地海關通報輸往國外貨物。（得依關稅法第二十二條第一項規定委託報關業者辦理）。
（五）接收F5報單電腦放行通知（訊息格式簡5204或簡5204S）。
（六）核銷「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」(書表格式：帳務三)或 「XX自由港區事業XX年度營運貨物廠〔倉〕內重整或加工、製造成品帳」(書表格式：帳務四)或「XX自由港區事業XX年度自用機器、設備、物料帳」（書表格式：帳務一）。
（七）異常更正。
三、自由港區事業售予國際航線船舶供作燃料（油）、專用物料案件，自由港區事業之通報自主管理事項，依「自由港區事業貨物售予國際航線船舶供作燃料（油）或專用物料（含船舶日用品）作業要點」辦理。
四、自由港區事業輸往國外貨物如符合自由貿易港區貨物通關管理辦法第五條第二項之規定且於自由港區內裝船（機）者，得申請船（機）邊免驗放行。
協調單位：港區管理機關、海關、報關業者、運輸業者
項 目：三、輸往其他自由港區貨物之通報
作業單位：港區貨棧、港區事業
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十七條、第十八條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第四條、第五條、第十二條；關稅法第二十二條第一項
作業要點：
一、港區貨棧
（一）進儲
港區事業運往其他自由貿易港區進儲港區貨棧傳輸進倉資料自主管理事項：
1、提供網頁接收預定進倉資料。
2、點收進儲。
3、登錄「XX自由港區貨棧電腦進倉總簿檔」（書表格式：帳務二）。
4、傳輸進倉證明書或進倉資料（訊息格式：海運簡5259、空運簡5201）。
5、異常更正。
（二）出倉
港區事業運往其他自由貿易港區進儲港區貨棧通報後出倉自主管理事項：
1、接收F4報單電腦放行通知（訊息格式為簡5204或簡5204S）
2、登錄「XX自由港區貨棧電腦進倉總簿檔」（書表格式：帳務二）出倉。
3、裝車裝併櫃加封作業。
4、開具運送單作業。
二、港區事業
（一）買方（輸入、進儲）
其他自由貿易港區售予港區事業進儲通報自主管理事項：
1、其他自由貿易港區港區事業以報單（F4自由港區與他自由港區、課稅區間之交易；訊息格式為簡5203A或簡5203S）向賣方自由港區事業所在地海關通報（貨物應辦之報關手續，得依關稅法第二十二條第一項規定委託報關業者辦理）。
2、港區事業接收F4報單電腦放行通知（訊息格式為簡5204或簡5204S）。
3、向港區貨棧提領貨物或由其他自由貿易港區經由港區門哨直接運入。
4、點收進儲。
5、登錄「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三）或「XX自由港區事業XX年度自用機器、設備、物料帳」（書表格式：帳務一）。
6、異常更正。
（二）賣方（輸出）
港區事業運往其他自由貿易港區之通報自主管理事項：
1、向港區貨棧傳輸預定進倉資料及列印出口貨物進倉申請書。
2、出倉單及出倉運入港區貨棧作業。
3、以報單（F4自由港區與他自由港區、課稅區間之交易；訊息格式為簡5203A或簡5203S）向賣方自由港區事業所在地海關通報（貨物應辦之報關手續，得依關稅法第二十二條第一項規定委託報關業者辦理）。
4、接收F4報單電腦放行通知（訊息格式為簡5204或簡5204S）。
5、核銷「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三）或 「XX自由港區事業XX年度營運貨物廠〔倉〕內重整或加工、製造成品帳」（書表格式：帳務四）或「XX自由港區事業XX年度自用機器、設備、物料帳」（書表格式：帳務一）。
6、異常更正。
三、貨物入出區得辦理按月彙報，依項目十一規定辦理。
協調單位：港區管理機關、海關、報關業者
項 目：四、輸往課稅區、保稅區貨物之通關
作業單位：港區貨棧、港區事業
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十七條、第十八條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第四條、第六條、第十一條；關稅法第二十二條第一項
作業要點：
一、港區貨棧
（一）進儲
港區事業輸往課稅區、保稅區進儲港區貨棧傳輸進倉資料自主管理事項：
1、提供網頁接收預定進倉資料。
2、點收進儲。
3、登錄「XX自由港區貨棧電腦進倉總簿檔」（書表格式：帳務二）。
4、傳輸進倉資料（訊息格式：海運簡5102S、空運簡5102）。
5、異常更正。
（二）出倉
港區事業輸往課稅區、保稅區進儲港區貨棧通關後出倉自主管理事項：
1、接收電腦放行通知（F2自由港區貨物進口、B6保稅廠輸入貨物、原料或D8外貨進保稅倉；訊息格式：簡5116、簡5116S）。
2、登錄「XX自由港區貨棧電腦進倉總簿檔」（書表格式：帳務二）出倉。
3、裝車裝併櫃加封作業。
4、開具運送單作業。
二、港區事業
港區事業輸往課稅區、保稅區之通關自主管理事項：
（一）向港區貨棧傳輸預定進倉資料及列印進口貨物進倉申請書。
（二）出倉單及出倉運入港區貨棧作業。
（三）以（F2自由港區貨物進口、B6保稅廠輸入貨物、原料或D8外貨進保稅倉；訊息格式：簡5105A、簡5105S）報單通關（得依關稅法第二十二條第一項規定委託報關業者辦理）。
（四）接收F2、B6、D8報單電腦放行通知（訊息格式：簡5116、簡5116S）。
（五）核銷「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三）或「XX自由港區事業XX年度營運貨物廠〔倉〕內重整或加工、製造成品帳」(書表格式：帳務四)或「XX自由港區事業XX年度自用機器、設備、物料帳」（書表格式：帳務一）；屬運往區外委託修理、檢驗、測試、委託加工及展覽者，並應按項目七作業規定辦理。
（六）異常更正。
（七）補稅、退貨、運往課稅區修理、檢驗、測試、委託加工及展覽等案件。
（八）輸往課稅區之貨物，應注意有無屬不准輸入之未開放大陸物品。
（九）經辦理加裝、改裝之未稅成車輸往課稅區，應注意相關配合事項。
三、貨物出區得辦理按月彙報，依項目十一規定辦理。
協調單位：港區管理機關、海關
項 目：五、進儲課稅區、保稅區貨物之通關
作業單位：港區貨棧、港區事業
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十七條、第十八條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第四條、第六條、第十一條；關稅法第二十二條第一項
作業要點：
一、港區貨棧
（一）進儲
課稅區、保稅區輸往港區事業進儲港區貨棧傳輸進倉資料自主管理事項：
1、提供網頁接收預定進倉資料。
2、點收進儲。
3、登錄「XX自由港區貨棧電腦進倉總簿檔」（書表格式：帳務二）。
4、傳輸進倉證明書或進倉資料（訊息格式：海運簡5259、空運簡5201）。
5、異常更正。
（二）出倉
課稅區、保稅區輸往港區事業進儲港區貨棧通關後出倉自主管理事項：
1、接收F4自由港區與他自由港區、課稅區間之交易，B8保稅廠進口貨物、原料復出口，B9保稅廠產品出口，D5保稅倉貨物出口等電腦放行通知（訊息格式：簡5204、簡5204S）。
2、港區事業辦理提領。
3、登錄「XX自由港區貨棧電腦進倉總簿檔」（書表格式：帳務二）出倉。
二、港區事業
（一）課稅區、保稅區輸往港區事業進儲通關自主管理事項：
1、課稅區、保稅區業者申報通關（得依關稅法第二十二條第一項規定委託報關業者辦理），委外加工運回亦同。
2、港區事業接收F4、B8、B9、D5報單電腦放行通知（訊息格式：簡5204、簡5204S）。
3、向港區貨棧提領貨物。
4、點收進儲。
5、登錄「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三）或「XX自由港區事業XX年度自用機器、設備、物料帳」（書表格式：帳務一）；屬委外作業後運回者，並應按項目七作業規定辦理。
6、異常更正。
（二）加工出口區、科學工業園區、農業科技園區輸往港區事業進儲通關自主管理事項：
1、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區區內事業申報通關（得依關稅法第二十二條第一項規定，委託報關業者辦理），委託加工出口區、科學工業園區、農業科技園區加工運回亦同。
2、港區事業接收B8、B9報單電腦放行通知（訊息格式：簡5204、簡5204S）。
3、向港區貨棧提領貨物或由加工出口區、科學工業園區、農業科技園區經由港區門哨直接運入。
4、點收進儲。
5、登錄「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三）或「XX自由港區事業XX年度自用機器、設備、物料帳」（書表格式：帳務一）；屬委外作業後運回者，並應按項目七作業規定辦理。
6、異常更正。
三、貨物入區得辦理按月彙報，依項目十一規定辦理。
協調單位：港區管理機關、海關
項 目：六、區內交易貨物之通報
作業單位：港區事業
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十七條、第十八條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第四條、第七條、第十二條；關稅法第二十二條第一項
作業要點：
一、買方（進儲）
買方港區事業進儲通報：
（一）港區事業接收F3報單電腦放行通知（訊息格式：簡5116或簡5116S）。
（二）向賣方港區事業提領貨物或由賣方港區事業直接運入。
（三）點收進儲。
（四）登錄「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三）或「XX自由港區事業XX年度自用機器、設備、物料帳」（書表格式：帳務一）。
（五）異常更正。
二、賣方（輸出）
港區事業運往區內其他自由港區事業之通報：
（一）以報單（F3自由港區區內事業間之交易；訊息格式：簡5105A、簡5105S）向其所在地海關通報（得依關稅法第二十二條第一項規定委託報關業者辦理）。
（二）接收F3報單電腦放行通知（訊息格式：簡5116或簡5116S）。
（三）核銷「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三）或「XX自由港區事業XX年度營運貨物廠〔倉〕內重整或加工、製造成品帳」（書表格式：帳務四）或「XX自由港區事業XX年度自用機器、設備、物料帳」（書表格式：帳務一）。
（四）異常更正。
三、港區事業買賣雙方於出廠或進倉後，應憑F3分送訊息或書面資料，即應納入內部出廠、進倉登錄與帳冊管理登帳或銷帳。
四、貨物入出區得辦理按月彙報，依項目十一規定辦理。
協調單位：港區管理機關、海關
項 目：七、修理、測試、檢驗、展覽及委託加工之處理
作業單位：港區貨棧、港區事業
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第二十五條、第二十六條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第四條、第八條、第九條、第十三條；關稅法第二十二條第一項
作業要點：
一、修理、檢驗、測試、展覽及委託加工之申請，應檢附下列文件：
（一）自由港區事業之公司登記或商業登記之證明文件及港區事業營運許可影本（僅首次申請者須檢附）。
（二）受託廠商公司登記影本；受託加工案件另檢附工廠登記證影本。
（三）修理、檢驗、測試、展覽、委託加工合約書或經雙方簽署之訂單。
（四）委託加工案件並檢附加工前後之樣品或圖說、說明加工過程及所使用或添加之原料（含用料清表）。
（五）如須經交通部專案核准加工之案件，應檢附專案核准函。
（六）自由港區事業向海關申請將免稅貨物輸往課稅區展覽案件所應檢附文件，準用「展覽物品進出口通關作業要點」三之規定辦理。
二、貨物出區
依出倉貨物資料，填具「XX自由港區事業貨物出倉單」（書表格式：帳務六）（或經海關核可替代單證）點驗貨物出倉，進儲指定地點，於接獲進口貨物電腦放行通知（訊息格式簡5116或簡5116S）後，比對登錄「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三）或「XX自由港區事業XX年度自用機器、設備、物料帳」(書表格式：帳務一)及「XX自由港區事業XX年度免稅貨物運往區外修理、測試、檢驗，加工、製造、展覽案件紀錄表」（書表格式：帳務七）之通關資料（F2報單，納稅辦法代碼9E、9F或73），或比對報單資料後登錄帳務，電腦產生帳務報表及儲位明細。
三、復運入區
接獲出口貨物電腦放行通知（訊息格式簡5204或簡5204S）後，提領貨物進儲，依進倉貨物資料，填具「XX自由港區事業貨物存倉單」（書表格式：帳務五）（或經海關核可替代單證）點收貨物，並比對登錄「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三），或「XX自由港區事業XX年度自用機器、設備、物料帳」（書表格式：帳務一），及「XX自由港區事業XX年度免稅貨物運往區外修理、測試、檢驗、加工、製造、展覽案件紀錄表」（書表格式：帳務七）之通關資料（F4報單、統計方式代碼9Y、9Z或92），或比對報單資料後登錄帳務，電腦產生帳務報表及儲位明細。
四、展延入區期限
因故需延長復運回自由港區期限者，於復運期限屆滿前，以書面敘明理由，檢附有關證件，向海關申請展延，展延以六個月為限，憑該核准文件自行於「XX自由港區事業XX年度免稅貨物運往區外修理、測試、檢驗、加工、製造、展覽案件紀錄表」（書表格式：帳務七）登錄，電腦產生帳務報表。
五、修理、測試、檢驗、加工、製造案件不運回港區逕行出口
（一）因特殊情形，不運回自由港區逕行出口，應先申請海關核准，於區外報運出口；出口地如為工業專用港或工業專用碼頭者，應先取得主管機關同意書後，再送海關核辦。
（二）於接獲出口貨物電腦放行通知（訊息格式簡5204或簡5204S）後，比對登錄「XX自由港區事業XX年度免稅貨物運往區外修理、測試、檢驗、加工、製造、展覽案件紀錄表」（書表格式：帳務七）之通關資料（F5報單），或比對報單資料後登錄帳務，電腦產生帳務報表。
六、貨物入出區得辦理按月彙報（展覽品除外），依項目十一規定辦理。
協調單位：港區管理機關、海關
項 目：八、進儲本條例第十五條限制物（貨）品之通報
作業單位：港區貨棧、港區事業
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十五條、第十七條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第四條；關稅法第二十二條第一項；自由港區事業輸往國外貨物輸出文件通報作業規定
作業要點：
一、港區事業進儲本條例第十五條規定，須於進儲前經各該目的事業主管機關核准進儲之物品，應於進儲後依核准文號專案列冊自主管理，出口後依核准文號專案列冊銷案。
二、進儲通報作業，依項目一規定辦理。
協調單位：港區管理機關、海關
項 目：九、本條例第十六條第一項各款所定物（貨）品輸往國外之通報
作業單位：港區貨棧、港區事業
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十六條、第十七條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第四條；關稅法第二十二條第一項；自由港區事業輸往國外貨物輸出文件通報作業規定
作業要點：
一、自由港區事業輸往國外貨物，涉及國際規範或承諾，依自由貿易港區設置管理條例第十六條第一項及「自由港區事業輸往國外物（貨）品輸出文件通報作業規定」，向目的事業主管機關申請相關輸出許可文件，以電腦傳輸資料或書面文件通報海關辦理查核，未經查核者，海關不予核銷或簽署。
二、輸出通報作業，依項目二規定辦理。
項 目：十、貨物及自用機器設備之帳務處理
作業單位：港區貨棧、港區事業
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十八條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第四條、第十一條、第十二條、第十五條；自由貿易港區通關作業手冊第三章第二節項目九、十
作業要點：
一、港區貨棧進出貨物點驗及帳務登錄
（一）貨物進儲
憑相關業者提供之貨物資料，填具「XX自由港區事業貨物存倉單」（書表格式：帳務五）（或經海關核可替代單證）點收貨物進儲，向海關傳輸貨物進倉資料，並登錄「XX自由港區貨棧電腦進倉總簿檔」（書表格式：帳務二）進儲欄，電腦產生帳務報表及儲位明細。
1、國外貨物：憑特別准單（S/P）及運輸業者提供之艙單資料點收貨物進儲，向海關傳輸「進口貨物進倉資料」（訊息格式簡5102或簡5102S）。
2、課稅區、保稅工廠、保稅倉庫、物流中心、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區貨物：憑出口業者提供之貨物資料點收貨物進儲，向海關傳輸「出口貨物進倉資料」或「出口貨物進倉證明書」（訊息格式簡5201或簡5259）。
3、本自由港區輸往國外及他自由港區貨物：憑港區事業提供之貨物資料點收貨物進儲，向海關傳輸「出口貨物進倉資料」或「出口貨物進倉證明書」（訊息格式簡5201或簡5259）。。
4、輸往課稅區、保稅工廠、保稅倉庫、物流中心、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區貨物：憑港區事業提供之貨物資料點收貨物進儲，向海關傳輸「進口貨物進倉資料」（訊息格式簡5102或簡5102S）。。
5、運往課稅區修理、測試、檢驗、加工、製造貨物：出區時，憑自由港區事業提供之貨物資料點收貨物進儲，向海關傳輸「進口貨物進倉資料」（訊息格式簡5102或簡5102S）；運回入區時，憑課稅區受委業者提供之貨物資料點收貨物進儲，向海關傳輸「出口貨物進倉資料」或「出口貨物進倉證明書」（訊息格式簡5201或簡5259）。
（二）貨物出倉
憑海關電腦放行通知，及相關報單資料，核對標記及數量相符後，填具「XX自由港區事業貨物出倉單」(書表格式：帳務六)（或經海關核可替代單證）點驗貨物出倉，並登錄「XX自由港區貨棧電腦進倉總簿檔」（書表格式：帳務二）出倉欄，電腦產生帳務報表及儲位明細。
1、輸往國外及他自由港區：出口貨物電腦放行通知（訊息格式簡5204或簡5204S），及F5（輸往國外）、F4（輸往他自由港區）報單資料。
2、轉運他自由港區：T1轉運准單（訊息格式海運簡5302S、空運簡5116）。
3、輸往課稅區、保稅工廠、保稅倉庫、物流中心、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區、區內交易貨物：進口貨物電腦放行通知（訊息格式簡5116或簡5116S），及F2（課稅區）、B6（保稅工廠、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區）、D8（保稅倉庫、物流中心）報單資料。
4、進儲本自由港區事業：進口貨物電腦放行通知（訊息格式簡5116或簡5116S），及F1報單資料（從國外輸入），或出口貨物電腦放行通知（訊息格式簡5204或簡5204S），及F4（從他自由港區、課稅區輸入）、D5（從保稅倉庫、物流中心輸入）、B8、B9（從保稅工廠、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區輸入）報單資料。
（三）公證或取樣貨物
憑港區事業向海關申請核發之准單辦理（通關作業手冊第四章、第四節、項目一、作業要點三），填具「XX自由港區事業貨物出倉單」（書表格式：帳務六）點驗貨物出倉，登錄「XX自由港區貨棧電腦進倉總簿檔」（書表格式：帳務二），並於備註欄註明准單號碼，電腦產生帳務報表。
（四）短、溢卸及異常貨物
依原申報數量登錄，並依「海關管理進出口貨棧辦法」第二十二條規定期限，繕具短、溢卸報告送海關查核後，調整原貨物帳；破損、變質或損壞貨物，亦依原申報數量登錄，俟繕具損壞、變質或損失貨物清單，經海關查核後，調整原貨物帳，電腦產生帳務報表；破損或變質部分，需另行報廢者，依報廢規定辦理。
二、自用機器、設備進出點驗及帳務登錄
自由港區貨棧、自由港區事業，於許可籌設期間，取得營運許可前，須進儲自用機器、設備、及其使用之物料者，應設置「XX自由港區事業XX年度自用機器、設備、物料帳」（書表格式：帳務一），依本作業要點自行登錄及管理自用機器、設備，及其使用之消耗性物料。
（一）貨物進儲
1、接獲海關傳輸之貨物電腦放行通知（從國外輸入、區內交易為進口貨物電腦放行通知，訊息格式簡5116或簡5116S，從他自由港區、課稅區、保稅倉庫、物流中心、保稅工廠、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區入區為出口貨物電腦放行通知，訊息格式簡5204或簡5204S）後，提領貨物進儲。
2、依進儲貨物資料，填具「XX自由港區事業貨物存倉單」（書表格式：帳務五）（或經海關核可替代單證）點收貨物，並比對向海關通報（或通關）登錄「XX自由港區事業XX年度自用機器、設備、物料帳」（書表格式：帳務一）之報單資料（從國外輸入為F1納稅辦法代碼9B及9C、從他自由港區、課稅區輸入為F4、從保稅倉庫、物流中心輸入為D5、從保稅工廠、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區輸入為B8、B9），或比對報單資料後登錄「XX自由港區事業XX年度自用機器、設備、物料帳」（書表格式：帳務一）（區內領用從事重整後進儲者無報單資料），電腦產生帳務報表及儲位明細。
（二）貨物出倉
1、填具「XX自由港區事業貨物出倉單」（書表格式：帳務六）（或經海關核可替代單證）點驗貨物出倉，進儲指定地點。
2、於接獲貨物電腦放行通知（輸往國外及其他自由港區貨物為出口貨物電腦放行通知，訊息格式簡5204或簡5204S，輸往課稅區、保稅倉庫、物流中心、保稅工廠、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區及區內交易為進口貨物電腦放行通知，訊息格式簡5116或簡5116S）後，比對向海關通報（或通關）登錄「XX自由港區事業XX年度自用機器、設備、物料帳」（書表格式：帳務一）之報單資料（輸往國外為F5、他自由港區為F4、課稅區為F2、保稅倉庫、物流中心為D8、保稅工廠、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區為B6），或比對報單資料後登錄帳務（區內重整、加工、製造領用貨物，無報單資料），電腦產生帳務報表及儲位明細。
（三）公證或取樣貨物
以書面向海關申請核發准單（通關作業手冊第四章、第四節、項目一、作業要點三），憑以向存儲貨物之倉庫業者提領貨物，或填具「XX自由港區事業貨物出倉單」（書表格式：帳務六）點驗貨物出倉，並登錄「XX自由港區事業XX年度自用機器、設備、物料帳」（書表格式：帳務一），於備註欄註明准單號碼，電腦產生帳務報表。
（四）短、溢裝及異常貨物
依原申報數量登錄，專責人員繕具短、溢裝報告送海關查核後，調整原貨物帳；破損、變質或損壞貨物，亦依原申報數量登錄，俟繕具損壞、變質或損失貨物清單，經海關查核後，調整原貨物帳，電腦產生帳務報表；破損或變質部分，需另行報廢者，依報廢規定辦理。
（五）免稅之機器、設備（納稅辦法代碼為9B者）進儲滿五年，於次一盤點年度起，得免再列入「XX自由港區事業XX年度自用機器、設備、物料帳」（書表格式：帳務一）。
三、供營運貨物進出點驗及帳務登錄
（一）貨物進儲
1、區外或區內交易貨物：
（1）接獲海關傳輸之貨物電腦放行通知（從國外輸入、區內交易為進口貨物電腦放行通知，訊息格式簡5116或簡5116S，從他自由港區、課稅區、保稅倉庫、物流中心、保稅工廠、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區入區為出口貨物電腦放行通知，訊息格式簡5204或簡5204S）後，提領貨物進儲。
（2）依進儲貨物資料，填具「XX自由港區事業貨物存倉單」（書表格式：帳務五）（或經海關核可替代單證）點收貨物，並比對向海關通報（或通關）登錄「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三）之資料（從國外輸入為F1納稅辦法代碼9A或9D、從他自由港區、課稅區輸入為F4、從保稅倉庫、物流中心輸入為D5、從保稅工廠、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區輸入為B8、B9），或比對報單資料後登錄「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三），電腦產生帳務報表及儲位明細。
2、區內重整、加工、製造之成品貨物：
（1）改變原貨物名稱、規格、型號、料號者：填具「XX自由港區事業貨物存倉單」（書表格式：帳務五）（或經海關核可替代單證）點收貨物進儲，自行登錄「XX自由港區事業XX年度營運貨物廠（倉）內重整或加工、製造成品帳」（書表格式：帳務四），電腦產生帳務報表及儲位明細。
（2）未改變原貨物名稱、規格、型號、料號者：填具「XX自由港區事業貨物存倉單」（書表格式：帳務五）（或經海關核可替代單證）點收貨物進儲，重行登錄「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三），電腦產生帳務報表及儲位明細。
（二）貨物出倉
1、依出倉貨物資料填具「XX自由港區事業貨物出倉單」（書表格式：帳務六）（或經海關核可替代單證）點驗貨物出倉，進儲指定地點。
2、於接獲海關傳輸之貨物電腦放行通知（輸往國外及其他自由港區貨物為出口貨物電腦放行通知，訊息格式簡5204或簡5204S，輸往課稅區、保稅倉庫、物流中心、保稅工廠、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區及區內交易為進口貨物電腦放行通知，訊息格式簡5116或簡5116S）後，比對向海關通報（或通關）登錄「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三），或「XX自由港區事業XX年度營運貨物廠（倉）內重整或加工、製造成品帳」（書表格式：帳務四）之報單資料（輸往國外為F5、他自由港區為F4、課稅區為F2、保稅倉庫、物流中心為D8、保稅工廠、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區為B6），或比對報單資料後登錄帳務，電腦產生帳務報表及儲位明細。
（三）公證或取樣貨物
以書面向海關申請核發准單（通關作業手冊第四章、第四節、項目一、作業要點三），憑以向存儲貨物之倉庫業者提領貨物，或填具「XX自由港區事業貨物出倉單」（書表格式：帳務六）點驗貨物出倉，並登錄「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三），或「XX自由港區事業XX年度營運貨物廠（倉）內重整或加工、製造成品帳」（書表格式：帳務四），於備註欄註明准單號碼，電腦產生帳務報表。
（四）短、溢裝及異常貨物
依原申報數量登錄，專責人員繕具短、溢裝報告送海關查核後，調整原貨物帳；破損、變質或損壞貨物，亦依原申報數量登錄，俟繕具損壞、變質或損失貨物清單，經海關查核後，調整原貨物帳，電腦產生帳務報表；破損或變質部分，需另行報廢者，依報廢規定辦理。
四、進儲供修理後再輸出或銷售貨物（納稅辦法代碼9D）之登錄及管理
（一）貨物進儲
接獲進儲貨物電腦放行通知後，提領貨物進儲，依進儲貨物資料，填具「XX自由港區事業貨物存倉單」（書表格式：帳務五）（或經海關核可替代單證）點收貨物，並比對向海關通報（或通關）登錄「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三）之資料，或比對資料後登錄帳務，電腦產生帳務報表及儲位明細。
（二）案件登錄
依進儲報單所列貨物項目，逐項設置「XX自由港區事業XX年度廠（倉）內修理案件紀錄表」（書表格式：帳務十九），憑以登錄使用免稅貨物明細，電腦產生帳務報表，結算時憑以核銷帳務。
（三）貨物出倉修理
填具「XX自由港區事業貨物出倉單」（書表格式：帳務六）（或經海關核可替代單證）點驗待修及使用免稅貨物出倉，並分別於「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三）出倉欄登錄提領之待修貨物，及其使用之免稅貨物；並將各待修貨物使用之免稅貨物，分別於各「XX自由港區事業XX年度廠（倉）內修理案件紀錄表」（書表格式：帳務十九）之「使用免稅原料貨物明細」欄登錄，電腦產生帳務報表。
（四）貨物修畢進儲
填具「XX自由港區事業貨物存倉單」（書表格式：帳務五）（或經海關核可替代單證）點收貨物進儲，並登錄原「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三），電腦產生帳務報表及儲位明細。
（五）修畢貨物出倉
依出倉貨物資料，填具「XX自由港區事業貨物出倉單」（書表格式：帳務六）（或經海關核可替代單證）點驗貨物出倉，進儲指定地點，接獲出倉貨物電腦放行通知後，比對向海關通報（或通關）登錄「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三），及「XX自由港區事業XX年度廠（倉）內修理案件紀錄表」（書表格式：帳務十九）之資料，或比對資料後登錄帳務，電腦產生帳務報表及儲位明細。
五、按月彙報帳務處理
（一）自由港區事業與課稅區、保稅區交易之貨物，按月彙報帳務依下列方式辦理：
1、輸往保稅區、課稅區之貨物出區：
（1）貨物分批出區，港區事業憑「XX自由港區事業貨物出倉單」（書表格式：帳務六）及專責人員簽證之交易憑證，於「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三）、「XX自由港區事業XX年度營運貨物廠﹝倉﹞內重整或加工、製造成品帳」（書表格式：帳務四）之「出倉」欄逐批即時登錄相關資料，「備註」欄註明「按月彙報貨物」字樣。
（2）貨物輸往課稅區者，同時於「XX自由港區事業XX年度貨物輸往課稅區按月彙報保證金循環使用紀錄表」（書表格式：帳務二十）之「貨物分批出區情形」欄即時登錄相關資料，並分別依分批出區貨物交易價格自行核估完稅價格，及應歸屬稅則、稅率，於「售課稅區應扣稅額欄」逐筆核計各項稅額，自保證金總額核扣，計算保證金餘額，保證金不足核扣時，應另補足保證金後，再行辦理貨物出區。
（3）次月十五日前，經以F2、B6、D8報單彙報，通關放行後，於原貨物帳逐批登錄之「出倉」欄即時補登報單號碼，輸往課稅區者並於「XX自由港區事業XX年度貨物輸往課稅區按月彙報保證金循環使用紀錄表」（書表格式：帳務二十）之「按月彙報報單」欄補登報單號碼、放行日期等資料，原扣保證金以已繳稅金逐項補回，登錄「彙報後核加稅額」欄，計算餘額，原扣保證金高於海關核計稅額者，可以原核扣稅額補回。
2、與保稅區、課稅區之交易貨物入區：
（1）港區事業點收貨物後，憑專責人員簽證之交易憑證，及「XX自由港區事業貨物存倉單」（書表格式：帳務五）於「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三）、「XX自由港區事業XX年度自用機器、設備、物料帳」（書表格式：帳務一）之「進儲」欄分批即時登錄相關資料，「備註」欄註明「按月彙報貨物」。
（2）次月十五日前以F4、B8、B9、D5報單彙報，經通關放行後，於原貨物帳逐批登錄之「進儲」欄即時補登報單號碼。
（二）輸往課稅區、保稅區委託加工、製造貨物（本條例第二十五條第一項規定之貨物），按月彙報帳務依下列方式辦理：
1、貨物出區：
（1）港區事業憑「XX自由港區事業貨物出倉單」（書表格式：帳務六）及專責人員簽證之相關檔，於「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三）、「XX自由港區事業XX年度營運貨物廠﹝倉﹞內重整或加工、製造成品帳」（書表格式：帳務四）、「XX自由港區事業XX年度自用機器、設備、物料帳」（書表格式：帳務一）之「出倉」欄逐批即時登錄相關資料，「備註」欄註明「按月彙報貨物」字樣，同時於「XX自由港區事業XX年度免稅貨物運往區外修理、 測試、檢驗、加工、製造、展覽案件紀錄表」（書表格式：帳務七）之「貨物出區」欄逐批即時登錄，管控出區期限。
（2）次月十五日前以F2、B6報單彙報通關放行後，於原貨物帳逐批登錄之「出倉」欄即時補登報單號碼，同時於「XX自由港區事業XX年度免稅貨物運往區外修理、測試、檢驗、加工、製造、展覽案件紀錄表」（書表格式：帳務七）之「貨物出區」欄補登報單號碼。
2、貨物入區：
（1）委託加工、製造貨物改變原貨物料號、名稱、規格、型號者，復運入區視為新貨物項目，港區事業點收貨物後，憑專責人員簽證之相關文件，及「XX自由港區事業貨物存倉單」（書表格式：帳務五）以新貨物項目於「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三）之「進儲」欄逐批即時登錄，「備註」欄註明「按月彙報貨物」，同時於原登錄之「XX自由港區事業XX年度免稅貨物運往區外修理、測試、檢驗、加工、製造、展覽案件紀錄表」（書表格式：帳務七），「復運進區核銷情形」欄之「復進區數量」欄逐批即時登錄，核銷出區貨物，其未全數運回者，應同時核計「未結案」數量。
（2）次月十五日前經以F4、B9報單彙報通關放行後，於原貨物帳逐批登錄之「進儲」欄，及「XX自由港區事業XX年度免稅貨物運往區外修理、測試、檢驗、加工、製造、展覽案件紀錄表」（書表格式：帳務七）即時補登報單號碼；保稅區添加之原料，已成為入區貨物之一部分，除保稅區業者得除帳外，不另登錄自由港區帳務。
（三）輸往課稅區、保稅區修理、測試、檢驗貨物，按月彙報帳務依下列方式辦理：
1、貨物出區：
（1）港區事業憑「XX自由港區事業貨物出倉單」（書表格式：帳務六）及專責人員簽證之相關檔，於「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三）、「XX自由港區事業XX年度營運貨物廠﹝倉﹞內重整或加工、製造成品帳」（書表格式：帳務四）、「XX自由港區事業XX年度自用機器、設備、物料帳」（書表格式：帳務一）之「出倉」欄逐批即時登錄相關資料，「備註」欄註明「按月彙報貨物」字樣，同時於「XX自由港區事業XX年度免稅貨物運往區外修理、測試、檢驗、加工、製造、展覽案件紀錄表」（書表格式：帳務七）之「貨物出區」欄登錄，管控出區期限。
（2）次月十五日前以F2、B6報單彙報通關放行後，於原貨物帳逐批登錄之「出倉」欄即時補登報單號碼，同時於「XX年度自由港區事業XX年度免稅貨物運往區外修理、測試、檢驗、加工、製造、展覽案件紀錄表」（書表格式：帳務七）之「貨物出區」欄補登報單號碼。
2、貨物復運入區：
（1）委託修理、測試、檢驗貨物，不涉及改變原貨物料號、名稱、規格、型號，復運入區可於原貨物帳登錄，港區事業點收貨物後，憑專責人員簽證之相關文件，及「XX自由港區事業貨物存倉單」（書表格式：帳務五）於原貨物帳逐批登錄之「進儲」欄之相關欄位即時登錄，「備註」欄註明「按月彙報貨物」，同時於原登錄之「XX自由港區事業XX年度免稅貨物運往區外修理、測試、檢驗、加工、製造、展覽案件紀錄表」（書表格式：帳務七），「復運進區核銷情形」欄之「復進區數量」欄登錄，逐項核銷出區貨物，其未全數運回者，應同時核計「未結案」數量。
（2）次月十五日前經以F4、B9報單彙報通關放行後，於原貨物帳逐批登錄之「進儲」欄，及「自由港區免稅貨物運往區外修理、測試、檢驗、加工、製造、展覽案件紀錄表」（書表格式：帳務七）即時補登報單號碼。
（四）自由港區事業貨物區內交易或運往其他自由港區，按月彙報帳務依下列方式辦理：
1、貨物出區（廠）：
（1）港區事業憑「XX自由港區事業貨物出倉單」（書表格式：帳務六）及專責人員簽證之交易憑證或相關檔，於「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三）之「出倉」欄逐批即時登錄相關資料，「備註」欄註明「按月彙報貨物」字樣。
（2）次月十五日前，由賣方自由港區事業以F3、F4報單彙總，經通報放行後，於貨物帳逐批登錄之「出倉」欄即時補登報單號碼。
2、貨物入區（廠）：
（1）港區事業點收貨物後，憑專責人員簽證之交易憑證或相關檔，及「XX自由港區事業貨物存倉單」（書表格式：帳務五）於「營運貨物帳」之「進儲」欄分批即時登錄相關資料，「備註」欄註明「按月彙報貨物」字樣。
（2）次月十五日前，由賣方自由港區事業以F3、F4報單彙總，經通報放行後，於貨物帳逐批登錄之「進儲」欄即時補登報單號碼。
六、未開放大陸物品之管理
（一）自由港區事業依本條例第十五條規定，自國外或自保稅區進儲未經公告准許輸入大陸地區貨物，編列不同料號，以「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」(書表格式：帳務三)註明「未開放准許輸入之大陸地區貨物」（簡稱「未開放准許輸入之大陸地區貨物」帳）登錄，獨立設置帳務，與一般營運貨物帳區分管理，設專區儲放，設置明顯標誌，以資識別。
（二）廠（倉）內辦理重整、加工、製造：
1、進儲未經公告准許輸入大陸地區貨物，於廠（倉）內辦理重整、加工、製造，事先申報「XX自由港區事業產品單位用料清表」(書表格式：帳務十)（含重整），報明產品使用未經公告准許輸入大陸地區貨物數量，功能、性質相近可以替代之原物料與零組件，亦不得替代流用。
2、以未經公告准許輸入大陸地區貨物加工產製之成品或重整後之物品，編列不同型號、料號，以「XX自由港區事業XX年度營運貨物廠（倉）內重整或加工、製造成品帳」(書表格式：帳務四)註明「未開放准許輸入之大陸地區貨物產品」（簡稱「未開放准許輸入之大陸地區貨物產品」帳）登錄，獨立設置專帳，與一般成品帳區分管理，並設專區儲放，設置明顯標誌，以資識別。
（三）未經公告准許輸入大陸地區貨物及其成品貨物出售或出區，若有退貨或復運進區貨物，依進儲資料及訊息辦理貨物進儲，登錄原貨物帳及登錄原進儲日期。
（四）進儲之未經公告准許輸入大陸地區貨物，其產製之次品與呆料等，非經經濟部國際貿易局核准，不得輸往課稅區。
（五）自由港區事業如經廢止其登記，進儲之未經公告准許輸入大陸地區貨物，及其產製品仍為未准許輸入者，應退運出口、銷毀，或轉售（轉儲）保稅工廠、加工出口區區內事業、科學工業園區園區事業、農業科技園區園區事業，或經海關核准登記之物流中心，非經經濟部國際貿易局核准，不得輸往課稅區。
（六）進儲未經公告准許輸入之大陸地區物品不得申請區外修理、檢驗、測試、委託加工。
七、進儲未稅成車管理
（一）另設置「XX自由港區事業XX年度進儲未稅成車及重整未稅成車帳」（書表格式：帳務二十一）登錄管理未稅成車。
（二）個別成車進儲，送海關核備之「進口小客車應行申報事項明細表」為帳務附件，以電腦與帳務連結，提供驗貨或查核。
（三）進儲未稅成車重整，重整後成車另編料號與原車區分，另以「XX自由港區事業XX年度進儲未稅成車及重整未稅成車帳」（書表格式：帳務二十一）登錄管理，經海關核准之「重整或簡單加工申請書」為帳務附件，以電腦與帳務連結，提供驗貨或查核。
（四）拆下之配件，另以「XX自由港區事業XX年度進儲未稅成車拆換配件貨物帳」（書表格式：帳務二十三）登錄，設專區儲存管理。
八、供營運貨物輸往課稅區展覽之管理
（一）貨物出區：
憑F2報單資料及進口貨物電腦放行通知（訊息格式簡5116或簡5116S）登錄「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三）、或「XX自由港區事業XX年度營運貨物廠﹝倉﹞內重整或加工、製造成品帳」（書表格式：帳務四），同時於「XX自由港區事業XX年度免稅貨物運往區外修理、測試、檢驗、加工、製造、展覽案件紀錄表」（書表格式：帳務七）之「貨物出區」欄登錄，管控出區期限，逾期依規定辦理補稅並登錄於本表。
（二）復運入區：
憑F4報單資料及出口貨物電腦放行通知（訊息格式簡5204或簡5204S）登錄「XX自由港區事業XX年度營運貨物帳」（書表格式：帳務三）、或「XX自由港區事業XX年度營運貨物廠﹝倉﹞內重整或加工、製造成品帳」（書表格式：帳務四），同時於「XX自由港區事業XX年度免稅貨物運往區外修理、測試、檢驗、加工、製造、展覽案件紀錄表」（書表格式：帳務七）之「核銷情形」欄登錄。
協調單位：港區管理機關、海關
項 目：十一、按月彙報貨物之入出區（廠）管理
作業單位：港區貨棧、港區事業
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十七條、第十八條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第四條、第十一條、第十二條；自由貿易港區通關作業手冊第二章第七節、第三章第二節項目九、第四章第二節項目六及第三節項目五
作業要點：
一、申請按月彙報資格作業
（一）自由港區事業具有下列條件之一者，得申請貨物輸往課稅區按月彙報：
1、自由港區事業實際從事加工製造業務者。
2、從事物流之自由港區事業，貨物輸往其進儲時之貨主或輸往加工製造廠商者。
（二）自由港區事業申請貨物輸往保稅區或自保稅區輸入貨物之按月彙報，須該自由港區事業及保稅區廠商具有按月彙報資格始得辦理。
（三）自由港區事業申請按月彙報資格核准時，須檢具下列文件送交所在地海關辦理審核：
1、申請與保稅區間之按月彙報者，提供相關之保稅區廠商名稱、地址、海關監管編號、統一編號等資料。
2、從事物流之自由港區事業，申請貨物輸往課稅區之原進儲時貨主（或原進儲報單「其他申報事項」欄所申報之貨主），提供該貨主之委託檔影本；輸往課稅區之加工製造廠商，提供該加工製造廠商之工廠登記檔影本，並註明與正本相符字樣。
（四）自由港區事業貨物售予課稅區經海關核准按月彙報者，應向海關提供相當保證金或擔保。
二、申請按月彙報貨物作業
（一）自由港區事業以電腦連線傳輸「自由港區事業按月彙報貨物申請書（以下簡稱申請書，其訊息格式：簡5401）」，向海關申請核准。
（二）於海關核發「自由港區事業按月彙報貨物核准通知（以下簡稱核准通知，其訊息格式：簡5402）」訊息後，如須申請更正申請書資料時，僅得以書面申請更正稅則，倘申請更正稅則以外之資料者，應另為傳送新編號之申請書重新申請。
三、按月彙報貨物入出區抽核作業
自由港區事業按月彙報貨物出入區時，其運送單證之申請、管理機關核發運送單證之比對、港區門哨之核對及通知海關辦理抽核等作業，依項目十五規定辦理。
四、按月彙報貨物入出區帳務作業
自由港區事業按月彙報貨物出入區帳務作業，依項目十規定辦理。
五、按月彙總申報作業
（一）自由港區事業按月彙報通關案件於次月十五日前依區外廠商別，分別繕具F2、B6、D8、F4、B8、B9、D5等進出口報單，並檢附經自由港區事業專責人員簽章之入出區運送單、裝箱單及交易憑證或相關文件等，向海關辦理按月彙報通關手續。前開報單申報時，應按出入區日期別逐項填報，或以彙總表彙總後填報；以最後一批貨物入出區日期視同出進口日期。
（二）自由港區事業按月彙報通報案件，於次月十五日前由賣方自由港區事業彙總資料向海關辦理F3、F4報單通報手續，並以最後一批貨物之出入區日期視同出進口日期；另應於放行後三日內檢附報單及經自由港區事業專責人員簽章之入出區運送單、裝箱單及交易憑證或相關文件等送交海關辦理審核。
（三）退貨之處理
按月彙報案件貨物之退貨應逐批向海關辦理報關入出區。
協調單位：港區管理機關、海關
作業單位：港區貨棧、港區事業
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十八條、第十九條、第二十條、第三十一條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第三條、第四條、第十五條、第十八條、第十九條；自由貿易港區通關作業手冊第三章
作業要點：
一、營運貨物庫存動態管理
（一）進行查核自由港區事業營運貨物庫存動態時，若發現盤虧，即依規定繕F2報單補稅，於各該貨物帳出倉之「其他」欄登錄，「備註」欄登錄說明；盤盈時，盤盈數量另行填具「XX自由港區事業貨物存倉單」（書表格式：帳務五）（或經海關核可替代單證）辦理補登錄，於各該貨物帳之進儲相關欄位登錄，並調整帳務，「備註」欄登錄說明。
（二）實施持續盤存存貨控制，或帳務可直接顯示實際庫存之非加工、製造業，定期或不定期查核庫存時，發現盤盈、虧，亦即時依前述作業辦理補稅、補登錄，及調整帳務。
二、辦理盤點及盤存清冊、結算報告表等送海關備查
自由港區貨棧、自由港區事業，於許可籌設期間，取得營運許可前，進儲之自用機器、設備、及其使用之物料，仍須依本條例第二十條規定，辦理年度盤點，其年度盤點期間，以第一批自用機器、設備，或其使用之物料進儲之翌日起計。
（一）自由港區之盤點，分年度盤點，結束、廢止、撤銷營運之盤點，及年度期間定時或不定時盤點，除年度期間定時或不定時盤點外，其餘盤點作業，悉依「自由貿易港區通關作業手冊」第三章第三節辦理，並於盤點日之翌日起一個月內，將自由港區事業自行簽證之盤存清冊、結算報告表、各項折合分析清表、盤點統計表造送海關備查，必要時，於期限內向海關申請展延一個月。
（二）重整、加工、製造貨物使用原料，以輸出日前向海關備查之「單位用料清表」為折合依據，送海關備查前輸出之該項貨物，使用原料不予折合。
（三）年度盤點日之翌日，為新年度帳務之起始日，因盤點年度結算報告表、盤點統計表等，未經核算、簽證，結轉數未確定，新年度之期初數，可依盤點數暫列，俟自由港區事業造送海關備查後，再予補正，調整相關帳務。
協調單位：港區管理機關、海關
項 目：十三、廢品、下腳及其有利用價值部分之處理
作業單位：港區貨棧、港區事業
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十八條第一、二項；自由貿易港區貨物通關管理辦法第四條、第十五條、第十六條；自由貿易港區通關作業手冊第三章第二節項目六
作業要點：
一、廢品、下腳貨物自行列冊管理，定期造具「XX自由港區事業XX年度第X次報廢清冊」（書表格式：帳務八）向管理機關申請，由管理機關派員或委託專業機構會同海關監毀。
二、有利用價值部分，以F2報單補稅者，於接獲進口貨物電腦放行通知（訊息格式簡5116或簡5116S）後，自行登錄相關帳務，電腦產生帳務報表。
三、無利用價值部分，依自由貿易港區管理機關核准方式處理後，須登錄帳務者，自行登錄相關帳務，電腦產生帳務報表。
協調單位：港區管理機關、海關
項 目：十四、物（貨）品遭竊、遭受災損時之處理
作業單位：港區貨棧、港區事業
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十八條第一、二項；自由貿易港區貨物通關管理辦法第四條、第十五條、第十七條；自由貿易港區通關作業手冊第三章第二節項目七
作業要點：
一、貨物遭竊
（一）免稅貨物遭竊，需立即繕具失竊免稅貨物清表，向自由港區管理機關及警察機關報案，並取得證明，及向海關報備，於遭竊之翌日起三個月內，以F2報單辦理補稅，於接獲進口貨物電腦放行通知（訊息格式簡5116或簡5116S）後，於各該貨物帳出倉之「其他」欄登錄，「備註」欄登錄說明及報備文號。
（二）有特殊情形，於F2報單辦理補稅時，可向海關申請提供保證金，暫免補稅，於失竊之翌日起，六個月內未尋回者，以保證金抵繳結案，尋回部分退還保證金，重行登錄貨物帳。
二、災損貨物
（一）免稅貨物存儲期間，遭受水災、風災、火災、或其他天然災害而致損毀，於災害事實終止之翌日起一週內向自由港區管理機關及海關申報，取得自由港區管理機關證明者，核實除帳，於各該貨物帳出倉之「其他」欄登錄，「備註」欄登錄說明及證明文號。
（二）產生之廢品，依本作業手冊項目十三、廢品報廢貨物規定辦理。
協調單位：港區管理機關、承辦員警機關、海關
項 目：十五、門禁之管控
作業單位：港區貨棧、港區事業、港區門哨單位（以下簡稱港區門哨）
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第九條第一項第三款、第十八條、第三十六條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第三條、第四條、第十一條、第十二條、第二十條、第二十一條、第二十二條；自由貿易港區通關作業手冊第四章貨物控管
作業要點：
一、港區門哨
（一）自由貿易港區人員、車輛、物品之入出及居住，依「自由貿易港區設置管理條例」第三十六條規定辦理。
（二）港區門哨應辦理之貨物控管事項，依「自由貿易港區貨物通關管理辦法」第二十二條規定辦理。
（三）非營運貨物入出區，憑運送文件（發票、送貨單等）向港區門哨申請核發運送單憑以入區。
（四）港區事業供營運之貨物、機器、設備、物料，不經港區貨棧通報（關）直接出區者，應憑特別准單、放行訊息、出倉文件、出廠放行單、出口貨物進倉申請書或運送單訊息，以區域連線或網際網路連線方式，向港區門哨申請核發「貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）」（以下簡稱運送單），經核准後，自行列印運送單憑以出區。
（五）自由港區事業按月彙報貨物運抵門哨時，港區門哨憑港區管理機關傳送之運送單訊息及按「核准通知」之「放行附帶條件」欄所列之抽核等級代碼於其系統篩選產生應否抽核訊息，核對運送單無訛且顯示未列入抽核後，放行入出區；若顯示列入抽核者，通知所在地海關辦理抽核作業。
二、港區事業、港區貨棧
設門禁管制，負責執行貨櫃（物）進出棧、倉（廠）之查對，並分別按貨物流通作業性質，辦理貨物進儲、提領、異動與貨櫃（物）動態登錄等電子資料傳輸相關事項：
（一）出區
1、未經通報、通關程序取得放行訊息者，貨物應先進儲港區貨棧，俟取得海關放行訊息後，由港區貨棧直接列印運送單辦理出區。
2、貨物不運出港區門哨直接裝船（機）出口，貨物應先進儲港區貨棧，俟取得海關放行訊息後，由港區貨棧憑海關放行通知及裝貨單（或託運單），核對裝運之船名、航次或班機航次及貨物之標記、箱號或航空標籤號碼、件數無訛後，方准提貨裝運；貨物運出區外裝船（機）出口，應列印運送單並以自由貿易港區專用車隊加封辦理出區。
3、供營運之貨物運出區外輸往課稅區或其他自由港區、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區、保稅工廠、保稅倉庫、物流中心，貨物應先進儲港區貨棧，俟取得海關放行訊息後，由港區貨棧憑海關放行通知、提貨單、轉運准單或其他經海關核准之文件核對收貨人、貨物之標記、箱號及件數無訛後方准提貨出區。其為整裝貨櫃，並應核對貨櫃標誌、號碼無訛後始准提櫃出區。
4、供營運之貨物、機器、設備運往課稅區、保稅區修理、測試、檢驗、委託加工等需出區者，貨物先進儲港區貨棧，俟完成通關放行手續，由港區貨棧核對放行訊息無訛後簽發運送單憑以出區。
5、按月彙報貨物
（1）自由港區事業按月彙報貨物出區，得不進儲港區貨棧。
（2）自由港區事業於貨物出區（廠）前應先向管理機關申請出區運送單證號。
（3）於接獲港區管理機關核准之運送單證號後，憑「核准通知」、交易憑證（相關檔）、裝箱單，核對出區貨物無訛，列印運送單，並均予簽章後，隨同貨物交予司機，放行出區，另傳輸貨櫃（物）動態訊息至貨櫃（物）動態資料庫；貨物輸往課稅區者，應審核預估應繳稅費在擔保額度內者，始准簽發運送單。
（4）按月彙報通報案件，貨物出區（廠）辦理情形如下：
甲、區內交易案件者，憑運送單隨貨出廠並傳輸貨櫃（物）動態訊息至貨櫃（物）動態資料庫。
乙、運往其他自由港區事業案件者及區內交易須經管制門哨案件者，貨物運抵港區門哨時，經門哨人員核對運送單資料無訛後放行出區（哨）。
（5）自由港區事業專責人員於保證金不足時，在未向海關追補保證金前，仍簽發運送單將貨物運往課稅區，海關得停止其按月彙報作業。
（6）貨櫃（物）出區後，港區門哨傳輸貨櫃（物）動態訊息至貨櫃（物）動態資料庫。
（二）入區
1、國外貨物卸船（機）不運出港區門哨進儲者，免貨櫃（物）運送單，憑海關核發之特別准單（含貨櫃清單）依下列規定辦理：
（1）通報之貨物應先進儲貨櫃集散站、進口貨棧、港區貨棧，貨櫃（物）進儲時，倉儲業者應驗明貨櫃標誌、號碼及封條號碼無訛後啟封（合裝櫃者），卸貨點驗貨物嘜頭（航空標籤號碼）、件數無訛後進儲。
（2）港區事業應向海關通報，俟取得放行後，始得提領貨物。
2、國外貨物卸船（機）跨關區進儲者，依下列規定辦理：
（1）通報之貨物應先進儲貨櫃集散站、進口貨棧、港區貨棧，貨櫃（物）進儲時，倉儲業者應驗明貨櫃標誌、號碼及封條號碼無訛後啟封（合裝櫃者），卸貨點驗貨物嘜頭（航空標籤號碼）、件數無訛後進儲。
（2）港區事業應向進口地海關通報，俟取得放行後，始得提領貨物；應以自由貿易港區專用車隊，向倉儲業者辦理加封及簽發運送單，載運至港區事業。
3、國外貨物於進口地海關通報進儲者，依「國外貨物進儲自由港區事業於進口地海關通報作業規定」辦理。
4、由不同關區卸船（機）轉運或聯鎖貨棧、貨櫃集散站轉運，保稅工廠、保稅倉庫、物流中心、課稅區、委託加工後運回、已出區出口退關運回進儲之貨物，貨物應先進儲港區貨棧。由港區貨棧憑運送單、特別准單、轉運申請書、放行訊息、送貨單、發票、進倉申請書等資料，核對運送單，驗明保稅卡車、保稅貨箱之海關編號、自由貿易港區專用車隊標誌、貨櫃標誌、號碼及封條號碼等無訛後啟封，卸貨點驗貨物嘜頭（航空標籤號碼）、件數無訛，點收貨櫃（物）進儲。
5、由科學工業園區、加工出口區、農業科技園區入區者：
（1）向原區內海關申報：
經通關取得放行訊息後進儲之貨物，得直接運至港區事業進廠點收，亦可運至港區貨棧點收進倉後再由港區事業提領。
（2）向自由港區事業所在地海關申報：
先以電腦連線或電子資料傳輸方式，向港區管理機關（經營港區者）、自由港區事業經營港區貨棧業務者或結合之貨櫃（物）動態資料庫系統，先行傳送進倉申請書資料，並申請、列印運送單憑以送貨進儲港區貨棧。未傳輸運送單訊息者，運送人憑運送文件及進倉申請書至港區門哨，電腦鍵入相關資料，申請、列印運送單，或由自由港區事業代為申請、列印運送單，憑以入區。
6、按月彙報貨物
（1）自由港區事業按月彙報貨物入區，得不進儲港區貨棧。
（2）自由港區事業、課稅區或保稅區廠商得於貨物入區前先向管理機關申請入區運送單證號或貨物運抵門哨時向港區門哨辦理入區運送單申請。
（3）於接獲港區管理機關核准之運送單證號後，即列印運送單，連同貨物、交易憑證（相關檔）、裝箱單交予司機。於港區門哨辦理入區運送單申請者，將貨物及交易憑證（相關檔）、裝箱單交予司機。
（4）按月彙報通報案件，貨物入區（廠）辦理情形如下：
甲、區內交易案件者，憑原賣方出廠運送單，將貨物運至區內買方港區事業，並傳輸貨櫃（物）動態訊息至貨櫃（物）動態資料庫。
乙、由其他自由港區事業運入案件者及區內交易須經管制門哨案件者，港區門哨憑原賣方出區運送單放行入區。
（5）貨櫃（物）入區時，港區門哨傳輸貨櫃（物）動態訊息至貨櫃（物）動態資料庫。
（6）貨櫃（物）進儲時，自由港區事業專責人員憑核准通知、運送單、交易憑證（相關檔）、裝箱單，點收貨物並予簽章後，傳輸貨櫃（物）動態訊息至貨櫃（物）動態資料庫並登錄貨物帳。
協調單位：港區管理機關、運輸業者、海關
項 目：十六、製造、物流、倉儲及廠（場）區作業之管理
作業單位：港區貨棧、港區事業
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十八條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第三條、第四條、第十一條、第二十條、第二十一條、第二十二條；自由貿易港區通關作業手冊第四章貨物控管
作業要點：
一、自由港區事業得經核准在自由港區內從事貿易、倉儲、物流、組裝、重整、包裝、修配、加工、製造、展覽或技術服務之事業。
二、貨物點驗進儲：由自由港區事業憑特別准單、轉運准單、放行訊息、出倉文件、出廠放行單、發票、送貨單、核准通知或退關文件核對運送單，驗明保稅卡車、保稅貨箱之海關編號、自由貿易港區專用車隊標誌或物流中心自營或契約可加封卡車（貨箱）、貨櫃標誌、號碼及封條號碼無訛後啟封，卸貨點驗貨物之嘜頭（航空標籤號碼）、件數無訛進儲，並以電子資料傳輸辦理貨櫃（物）進儲登錄作業。
三、港區事業應設有倉庫或一定之場所，俾供營運之貨物存入港區事業或於加工作業完成後，得以集中存放。對貨櫃（物）之進儲、提領、存放位置、異動及進出廠（場）區，設有一套完整之電腦控管作業，可供線上即時查核。相關電腦紀錄及單證保管三年。
四、依本條例第十五條規定，須於進儲前經各該目的事業主管機關核准進儲之物品，應於進儲後依核准文號專案列冊控管。
五、對於進儲貨物之存儲或進行各項製程、重整、加工、製造、查核、盤點、申報補繳稅費、及貨物流通時應遵行程式及事項，如紀錄、管理、加封管制、特殊押運及通關等，依相關規定辦理。
六、港區事業應依規定設置電腦貨物帳檔，對於貨物存入、提出、自行檢查或抽取貨樣，均應分別詳實登錄於該簿冊內，設置之貨物存放處所，應標示儲位。
協調單位：港區管理機關、海關
項 目：十七、封條加封及核銷作業
作業單位：港區貨棧、港區事業
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十八條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第三條、第四條；自由貿易港區通關作業手冊第四章貨物控管
作業要點：
一、自由港區內供營運之貨物或自用機器、設備，需運出自由港區至保稅區、他自由港區或出口者，除菸酒（不含自由港區事業依「自由港區事業貨物售予國際航線船舶供作燃料（油）或專用物料（含船舶日用品）作業要點」規定所供應之屬船舶日用品者）、尚未開放准許進口之中國大陸出產農產品及食品等貨物由海關派員押運外，如有下列情形之一者，得以加封海關封條或經海關核准之自備貨櫃封條替代押運。
（一）經海關開櫃查核貨證相符，認無押運之必要者。
（二）經海關認定為低危險群或經與海關簽訂策略聯盟之業者所載運之貨物。
二、使用海關封條加封核銷作業
（一）專責人員向海關稽查（倉庫）單位領取海關封條備用，領用封條時應即清點無訛簽收。
（二）使用之封條應按徵收加封費及免徵加封費類別，分別設置封條使用紀錄簿，記錄各封條之使用情形，其欄位應包括日期、封條號碼、貨櫃標誌號碼、使用單位人員簽名、規費證號、用途或備註等。專責人員應負責催繳加封費，並按規定核銷，按月填報「封條使用及加封費」統計表，次月五日前送海關複核無訛後，檔依序歸檔備查。
（三）封條如有故障應註記並繳還海關，遺失時應立即繕具理由書報請海關處理。
（四）加封費規費證貼證銷證時，注意規費證應完全貼牢於有關檔上，不得浮貼、重疊或以大頭針、訂書機、別針；並由專責人員使用統一製頒之銷證專用鋼印予以核銷。銷印時應比照郵局核銷郵票方式辦理，即每一張規費證均應加蓋一個鋼戳，且須攔腰蓋銷，三分之二在規費證上，三分之一在文件上；銷證之印色，一律使用黑墨油，銷印應力求清晰，不得模糊或重複印蓋，戳內日期並應準確。銷證後於貼證處旁應加蓋核銷規費證說明章，註明規費種類、次數、金額、規費證號碼等並加蓋專責人員章。
（五）規費證經貼用後，應即核銷，核銷後不得重複使用或抵用，並應注意有無偽造、變造或重複使用情事。
（六）依海關規定領用封條自行加封者，其加封費減半徵收。加封規費並得按月累計，自海關填發國庫專戶存款收款書送達之翌日起十四日內一次繳納。
（七）業經海關加封或經海關核准使用自備封條並依規定自行加封之貨櫃（物），經海關開櫃檢視或查驗後再由海關加封者，免徵加封費。
協調單位：港區管理機關、海關
項 目：十八、短卸、溢卸、短裝、溢裝報告之填報
作業單位：港區貨棧、港區事業
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十八條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第三條、第四條；自由貿易港區通關作業手冊第四章貨物控管
作業要點：
一、港區貨棧
（一）自由港區事業國外貨物進儲時，遇有短卸、溢卸之情事者，以進口貨物（短）溢卸報告（簡5103、簡5162），依運輸工具進出口通關管理辦法之規定辦理。
（二）港區貨棧點收自由港區內供營運之貨物後，以進口貨物進倉資料（簡5102、簡5102S）傳送海關。如有破損情事者，應將損失、變質或損壞情形繕具事故證明單，送由運輸工具管理貨物人員副署後，在「XX自由港區貨棧電腦進倉總簿檔」(書表格式：帳務二)註記，並將事故證明單乙份，及進口貨物進倉異常（破損）報告（簡5104、簡5163），依規定時限書面遞送海關。
二、港區事業
（一）貨物實到件數與通報進儲之報單上申報件數相符，其包裝外型完整，並無開啟之痕跡，但其內部經查驗核對，發現部分短缺者，其短缺部分，可認為短裝。
（二）自由港區事業貨物開箱時發現有短溢裝情事，專責人員應即停止作業，並向監管海關報告。
（三）自由港區事業貨物直接進儲時，如發現有破損情事，非因倉庫管理人員或貨物關係人保管不慎所致者，專責人員應繕具破損貨物清單二份，一份送監管海關核辦，另一份留存備查。
協調單位：港區管理機關、海關
項 目：十九、加工、重整、包裝、加註或更正標記、箱號作業
作業單位：港區貨棧、港區事業
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十八條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第三條、第四條；自由貿易港區通關作業手冊第四章貨物控管
作業要點：
一、港區貨棧
已完成通報或通關存儲於港區貨棧之貨物如有加裝、分裝、改裝或打件、變更標記、包裝、箱號或航空標籤號碼，均須經海關核備，由專責人員憑准單或申請書辦理監視。
二、港區事業貨物之重整依下列方式辦理：
（一）檢驗、測試：存倉貨物予以檢驗、測試。
（二）整理：存倉貨物因破損而須加以整補修理或加貼標籤。
（三）分類：存倉貨物依其性質、形狀、大小顏色等特徵予以區分等級或類別。
（四）分割：將存倉貨物切割。
（五）裝配：利用人力或簡單工具將貨物組合。
（六）重裝：將存倉貨物之原來包裝重行改裝或另加包裝。
（七）貨物之重整應受下列限制：
1、不得改變原來之性質或形狀。但雖改變形狀，卻仍可辨認其原形者，不在此限。
2、在重整過程中不發生損耗或損耗甚微。
3、不得使用複雜大型機器設備以從事加工。
4、重整後不合格之貨物，如屬國內採購者，不得報廢除帳，應辦理退貨，如屬國外採購者，除依規定退貨掉換者外，如檢具發貨人同意就地報廢檔，准予報廢除帳。
5、重整後之產地標示，應依其他法令有關產地之規定辦理。
（八）進儲未稅成車重整（辦理加裝、改裝）：
1、進儲未稅成車如需加裝、改裝配備，需檢具重整或簡單加工申請書，載明添加之原、物料，及拆換配件明細，逐案向海關提出申請，經核准後始准辦理。
2、對進儲之未稅成車拆下之未稅配件應設專區儲存，另設帳冊控管，其退運出口或完稅提領出區須向海關辦理相關通關（報）手續；但輸往課稅區之未稅成車，不得只拆不裝，且不得將高價配備以低價者替換。
協調單位：港區管理機關、海關
項 目：二十、看樣、取樣及公證作業
作業單位：港區貨棧
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十八條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第三條、第四條；自由貿易港區通關作業手冊第四章貨物控管
作業要點：
一、存儲於港區貨棧之貨物或自用機器、設備、物料，如須看樣、取樣或公證，由貨物所有人（自由港區事業）向海關申請核發特別准單，交由港區貨棧專責人員監視辦理，辦理完畢於「XX自由港區貨棧電腦進倉總簿檔」（書表格式：帳務二）註記。
二、政府機關基於商品檢驗或檢疫需要所為之取樣，得憑該管機關檢驗（疫）人員簽章之特別准單辦理。
三、拆動包件，應由申請人恢復包封原狀。
四、作業檔依序列管備查。
協調單位：港區管理機關、海關
項 目：二十一、空貨櫃進出之檢查
作業單位：港區貨棧、港區門哨
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十八條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第三條、第四條；自由貿易港區通關作業手冊第四章貨物控管
作業要點：
一、空貨櫃入區
（一）海運部分：
1、未經簽發提單（裝貨單）之空貨櫃由船上卸岸進儲港區貨棧，貨棧經營人應自櫃動庫接收貨櫃清單，若查無訊息時，得依海關書面核准之普通卸貨准單、特別准單及進口空貨櫃清單，派員開櫃檢查確係空貨櫃後進儲。
2、港區事業拆櫃提貨後繳回進儲港區貨棧之空貨櫃亦應派員開櫃檢查後進儲。
3、空貨櫃進棧後，置放於空櫃區，惟其儲位以電腦控管並提供海關線上查核，經海關核准不分區存放者，不在此限。
4、貨主（港區事業）進口空貨櫃（SOC）應與一般空貨櫃分區存放，並依進口貨物處理，非經報關放行，不得提領出區。
（二）空運部分：航空空貨櫃由保稅卡車運至航空貨物集散站內進出口貨棧或機場交接區時，應由貨棧專責人員核對「貨櫃(物)運送單」無訛及檢查確係空貨櫃後進儲，並於「貨櫃(物)運送單」二聯簽章。一聯按序歸檔備核，另一聯密封退回起運地專責人員銷案。
二、空貨櫃出區
（一）海運部分：
1、提領空貨櫃出區裝船，由運輸業者向海關稽查（倉庫）單位申請核發特別准單，交由港區貨棧專責人員憑以簽發裝船用出口「空貨櫃清單」。
2、空貨櫃出站裝船時，由電腦列印「貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）」經專責人員簽章放行，海關可由線上查核、閱覽空貨櫃出站資料。
3、貨主（港區事業）進口空貨櫃應依規定列入艙單並向海關辦理通關放行手續後，方可出區出口。
4、一般空貨櫃提領出區（貨主領櫃裝貨），貨櫃集散站開具空貨櫃之「貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）」由專責人員簽章後，交港區門哨警衛檢查確係空櫃無訛放行出站。
5、港區門哨：警衛室設電腦連線控管，大門警衛應核對貨櫃之標誌、號碼與「貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）」、電腦檔資料相符並檢查確係空貨櫃後始准放行出站，並於「貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）」出站聯簽證備查。
（二）空運（航空貨櫃）部分：
航空貨物集散站內之進出口貨棧業者，於航空貨運專用空貨櫃以保稅卡車運出空運貨棧交接區（裝車）前，應先填具「出站（倉）空貨櫃清單」（應編列序號），填列空貨櫃標誌、號碼、數量交專責人員掣製「貨櫃(物)運送單」辦理出區手續。
協調單位：港區管理機關、海關
項 目：二十二、貨物通關、帳務處理及貨物控管之電腦資料儲存作業
作業單位：港區貨棧、港區事業
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十八條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第三條、第四條；自由貿易港區通關作業手冊第四章貨物控管
作業要點：
一、貨物通關
（一）依本條例第十七條向海關通報或通關，自由港區事業應以電腦連線或電子資料傳輸方式向海關為之。
（二）依本條例第十八條規定，自由港區事業應實施貨物控管、電腦連線通關及帳務處理作業之貨物自主管理。並依同條第三項規定對自由港區事業之貨物控管，分別按貨物流通作業性質，辦理電子資料傳輸、資料保管、貨物之進儲、提領與異動之通報及其他與貨物控管相關之自主管理事宜。
二、帳務處理
（一）使用中電腦帳務資料及檔，於區內維護、保存，俾供海關或管理機關即時查核。
（二）已結案之電腦帳務資料及檔，依規定保存期限於區內保存，必要時提供海關或管理機關查核。
（三）原始資料為電子紀錄者，可以電子資料方式保存，書面檔以書面保存，使用中各項電腦帳務資料及檔，與結案之電腦帳務資料及文件，須予區分。
三、貨物控管
自由港區事業及港區貨棧對貨櫃（物）之進儲、提領、存放位置、異動及進出廠（場）區，設有一套完整之電腦控管作業，可供線上即時查核。相關電腦紀錄及單證保管三年。
（一）港區貨棧應由櫃動庫接收准單及貨櫃清單訊息，憑以卸櫃進儲。
（二）港區貨棧經營人應於貨櫃卸船、出站、進站及進儲等各階段作業完畢，以電子資料傳輸辦理貨櫃卸船、出站、進站及進儲登錄作業。
（三）相關貨櫃動態訊息之傳輸、作業方式傳輸之動態訊息內容等，應依「貨櫃（物）動態傳輸作業規定」等相關規定辦理。
協調單位：港區管理機關、海關
項 目：二十三、違規、違章、異常案件之報告
作業單位：港區貨棧、港區事業
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十八條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第三條、第四條；自由貿易港區通關作業手冊第四章貨物控管
作業要點：
一、遇有下列情事應即通報海關：
（一）貨櫃（物）失竊、掉包者。
（二）封條破損、斷失、有偽造變造之嫌及封條號碼與貨櫃（物）運送單兼出進站放行准單（以下簡稱：運送單）所載不符者。
（三）運送單經塗改者。
（四）發現貨櫃（物）有夾藏或夾層者。
（五）貨櫃（物）逾時進區或逾時未進區者。
（六）發現進出倉貨物與原申報之貨名不符者。
（七）發現不得進儲之貨物。
（八）存倉貨物遭受水災、風災、火災或其他天然災害而致損毀者。
（九）存倉貨物查核或盤點，發現與帳面結存數不符者。
（十）其他違規、違章及異常情形。
協調單位：港區管理機關、海關
項 目：二十四、其他經自由貿易港區管理機關或海關規定應遵行事項
作業單位：港區貨棧、港區事業
法令依據：自由貿易港區設置管理條例第十八條；自由貿易港區貨物通關管理辦法第三條、第四條；自由貿易港區通關作業手冊第四章貨物控管
作業要點：
一、管理存儲逾二年營運貨物
（一）儲存逾二年之貨物，係指自由港區事業、貨棧供營運之貨物，自貨物通報進儲之翌日起計，存儲逾二年，或於區內重整、加工、製造完成，改變原貨物料號、名稱、規格、型號之成品貨物，另行存倉之翌日起計逾二年，或自其他自由港區、保稅區或課稅區退運進區貨物，依原進儲日計逾二年者。進儲逾二年之供營運貨物，自行加強管理，退運自由港區之貨物，須依原進儲日登錄核計進儲期間。
（二）必要時海關可於業者帳務處理系統，查詢及列印供營運貨物存儲逾二年貨物清表查核。
二、其他自由貿易港區管理機關或海關規定應遵行事項。
協調單位：港區管理機關、海關