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第一章總則
第 1 條	本細則依國家安全法 (以下簡稱本法) 第十條訂定之。
第 2 條	本法所稱入出境，係指入出臺灣地區而言。
第 2- 1 條	本法所稱臺灣地區及大陸地區，係指臺灣地區與大陸地區人民關係條例第二條所定之臺灣地區及大陸地區。
第 3 條	本法第八條第二項所稱現役軍人，係指軍事審判法第二條及第三條所列之人。
第二章（刪除）
第 4 條	（刪除）
第 5 條	（刪除）
第 6 條	（刪除）
第 7 條	（刪除）
第 8 條	（刪除）
第 9 條	（刪除）
第 10 條	（刪除）
第 11 條	（刪除）
第 12 條	（刪除）
第 13 條	（刪除）
第 14 條	（刪除）
第 15 條	（刪除）
第 16 條	（刪除）
第 17 條	（刪除）
第 18 條	（刪除）
第三章入出境及境內安全檢查
第一節入出境檢查
第 19 條	本法四條所定入出境航空器及其載運人員﹑物品之檢查，依左列規定實施：一、航空器：得作清艙檢查。出境之航空器於旅客進入後，須經核對艙單、清點人數相符，並經簽署後，始准起飛。二、進出航空站管制區之人員、車輛及其所攜帶、載運之物品，應經檢查，憑相關證件進出。三、旅客、機員：實施儀器檢查或搜索其身體。搜索婦女身體，應命婦女行之，但不能由婦女行之者，不在此限。四、旅客、機員手提行李：應由其自行開啟接受檢查。五、旅客托運之行李：經檢查送入機艙後，如該旅客不進入航空器時，其托運行李應予取下，始准起飛。但經航空公司具結保證安全者，不在此限。六、空運出口物件：於航空器出境前接受檢查。過境之旅客，非經檢查許可，不得會晤境內人員及接受物品。第一項第二款所稱相關證件，由各主管機關核發。空運進口貨物於提領前，必要時得會同海關人員實施檢查。
第 20 條	本法第四條所定入出境船舶、其他運輸工具及其載運人員、物品之檢查，依左列規定實施：一、船舶及其他運輸工具：核對證照與艙單，並得作清艙檢查。二、旅客、船員、漁民及其行李、物件：準用前條第一項第二款至第五款之規定檢查。三、進口之貨櫃：得於目的地實施落地檢查。
第二節境內船筏、航空器及其客貨之
第 21 條	本法第四條所定航行境內航空器及其載運人員﹑物品之檢查準用第十九條第一項之規定辦理；旅客於登機時，並得查驗身分證明。
第 22 條	本法第四條所定航行境內船舶及其載運人員、物品之檢查，準用第二十條規定辦理；旅客於登船時，並得查驗身分證明。
第 23 條	進出漁港及海岸之漁船、舢舨、膠筏、竹筏及其他經主管機關核准營運之水上運輸工具，得查驗有關證件，並檢查船體及其載運物件。前項水上運輸工具，應在設籍港或核定處所進出、接受檢查。但因不可抗力或緊急情事，得在設籍港或核定處所以外之地區進出、接受檢查。海岸巡防機關人員於執行前二項檢查，發見有犯罪嫌疑時，得行使刑事訴訟法第二百三十條第一項第三款及第二百三十一條第一項第三款所定職權。
第 24 條	航行臺灣地區境內之河、溪、湖、潭、水庫等水域之船舶、舢舨、膠筏、竹筏、遊艇及其他水上運輸工具，有檢查之必要時，準用前條之規定。
第四章入出管制區之許可
第一節海岸管制區
第 25 條	本法第五條第一項所定海岸管制區，由國防部會同內政部根據海防實際需要，就臺灣地區海岸之海水低潮線以迄高潮線起算五百公尺以內之地區及近海沙洲劃定公告之。
第 26 條	前條海岸管制區，依其性質分為左列二種：一、海岸經常管制區：為確保海防安全，經常實施管制之地區。二、海岸特定管制區：於規定時間內，開放供人民從事觀光、旅遊、岸釣及其他正當娛樂等活動之地區。前項管制區設置檢查哨，由海防部隊執行檢查、管制任務。
第 27 條	人民入出海岸管制區，應向該管軍事機關申請許可。經查驗證明文件或經查證確有入出之必要者，得予許可。
第 28 條	人民入出海岸管制區，有左列情形之一者，無須申請許可：一、在規定開放時間內，入出海岸特定管制區者。二、戶籍設於海岸管制區或依法得使用之土地、漁塭或廠場位於海岸管制區者，得憑身分證明文件經查及後入出。三、當地漁民入出海岸管制區之海岸捕魚、繁殖或採收海產者，得憑身分明文件經查驗後入出。四、因公務需要入出海岸管制區者，得憑各該主管機關之證明文件連同身分證明文件經查驗後入出。五、司法、軍法或治安人員，因公入出海岸管制區者，得憑服務證件經查驗後入出。六、選務、監察人員及依法登記之候選人、助選員、宣傳車駕駛，於公職人員競選活動期間，得憑身分證明文件經查驗後入出其選舉區所在之海岸管制區。七、因不可抗力或緊急情事而有入出海岸管制區之必要者，得憑身分證　　明文件經查驗後入出。
第二節山地管制區
第 29 條	本法第五條第一項所定山地管制區，由國防部會同內政部根據維護山地治安需要，就臺灣地區各山地鄉行政區內之山地劃定公告之。
第 30 條	前條山地管制區，依其性質分為左列二種：一、山地經常管制區：為維護山地治安，經常實施管制之地區。二、山地特定管制區：具有遊憩資源得提供人民從事觀光、旅遊及其他正常娛樂活動，基於維護山地治安有必要實施管制之地區。前項管制區設置檢查所，由警察機關執行檢查、管制任務。
第 31 條	人民入出山地經常管制區，應向內政部警政署或該管警察局、警察分局、分駐所、派出所，或國家公園警察隊、小隊申請許可，經查驗證明文件或查證確有入出之必要者，得予許可。人民入出山地特定管制區，應向內政部警政署或該管警察局、警察分局、分駐所、派出所、檢查所或國家公園警察隊、小隊或指定之處所申請許可，經查驗身分證明文件後予以許可。
第 32 條	人民入出山地管制區，有左列情形之一者，無須申請許可：一、具有原住民身分者，得憑身分證明文件經查驗後入出。二、平地人民戶籍設於山地管制區或依法得使用之土地或廠場位於山地管制區者，得憑身分證明文件經查驗後入出設籍或工作之山地管制區。三、因公務需要入出山地管制區者，得憑各該主管機關之證明文件連同身分證明文件經查驗後入出。四、司法、軍法或治安人員，因公入出山地管制區者，得憑服務證件經查驗後入出。五、選務、監察人員及依法登記之候選人、助選員、宣傳車駕駛，於公職人員競選活動期間，得憑身分證明文件經查驗後入出其選舉區所在之山地管制區。六、因不可抗力或緊急情事而有入出山地管制區之必要者，得憑身分證明文件經查驗後入出。
第三節重要軍事設施管制區
第 33 條	本法第五條第一項所定重要軍事設施管制區，由國防部會同內政部根據軍事設施安全需要，就重要軍事設施所在地及其週邊地區劃定公告之。
第 34 條	前條重要軍事設施管制區，依其性質分為左列七種：一、軍用飛機場。二、飛機戰備跑道。三、飛彈基地。四、永久性國防工事。五、具危險性之軍事訓練、試驗場地或阻絕設施。六、具爆炸危險性之軍事工廠、倉庫及油泵站。七、軍用固定性重要通信電子設施。前項管制區得設置檢查哨，由該管軍事機關執行檢查、管制任務。
第 35 條	人民入出前條管制區內之重要軍事設施所在地，應向該管軍事機關申請許可。但於限制時間外，入出飛機戰備跑道、軍事訓練或試驗場者，無須申請許可。
第五章管制區之禁建、限建
第 36 條	為避免變更地形、地貌、妨害作戰效能或重要軍事設施安全，得由國防部會同內政部及有關機關在管制區內指定一定範圍實施禁建、限建。
第 37 條	海岸管制區之禁建，係指禁止一切建築物之建造；限建，係指限制原有建築物之增建、改建或限制建築物之高度或面積。
第 38 條	在海岸管制區開發海埔新生地或探礦、土、砂石或砍伐林木致有影響海岸管制區內軍事訓練、試驗場地，或原有作戰工事效能之虞者，除依有關法令申請外，並應徵得該管軍事機關之同意。
第 39 條	山地管制區之建築管理，依有關法令之規定。但於軍事上確有必要時，得指定一定範圍實施禁建、限建。
第 40 條	在山地管制區內開闢道路，致有影響原檢查所檢查、管制或原有作戰工事效能之虞者，除依有關法令申請外，並應徵得該管警察機關之同意。
第 41 條	重要軍事設施管制區之禁建，係指禁止一切建築物之建造、各種堆積物之堆置或架空線路之架設；限建，係指限制原有建築物之增建、改建或限制建築物、堆積物或架空線路之高度或面積。
第 42 條	在重要軍事設施管制區設置電信、電力設施，致有影響重要軍事設施安全之虞者，除依有關法令申請外，並應徵得該管軍事機關之同意。
第 43 條	直轄市、縣 (市) (局) 主管建築機關受理於築建、限建範圍內之建築執照申請時，應先徵得該管軍事或警察機關同意後始得核發執照。但原有建築物依原面積及高度改建或修建者不在此限。
第六章軍事審判機關移送司法機關案件之處理
第 44 條	本法第九條第一款軍事審判程序尚未終結之刑事案件，於解嚴之日，依左列規定處理之：一、偵查或再議中案件，移送該管檢察官。二、初審﹑覆判或抗告中案件，尚未裁判或裁判尚未確定者，移送該管法院。三、聲請再審或開始再審中案件，尚未裁判或裁判尚未確定者，移送該管法院。四、聲請非常審判案件，移送最高法院檢察署檢察總長；已提起非常審判尚未判決者，移送最高法院。
第 45 條	解嚴後，對本法第九條第二款之刑事確定裁判，聲請再審或非常上訴者，依刑事訴訟法規定處理。解嚴後，軍事檢察官發見本法第九條第二款之刑事確定裁判，有再審或非常上訴之原因者，應即呈請該管長官函請該管檢察官或最高法院檢察署檢察總長依刑事訴訟法規定處理。
第 46 條	本法第九條第三款確定之刑事裁判，尚未執行或在執行中者，於解嚴之日，移送該管檢察官指揮執行。依前項規定移送執行中之受刑人時，應將行刑累進處遇有關文件，一併移送。受移送之監獄應將受刑人照原級編列，並適用監獄行刑法等有關規定辦理。
第 47 條	軍事審判機關審判本法第八條第二項但書之刑事案件，於解嚴之日，其軍事審判程序尚未終結或刑事裁判已確定而有再審或非常上訴之原因者，準用第四十四條、第四十五條之規定。
第七章附則
第 48 條	本細則所定事項之作業規定及書表格式，由中央主管機關定之。
第 49 條	依本細則發給之許可證得收取費用。其費額由中央主管機關定之。前項費用之收繳應依預算程序辦理。
第 50 條	本細則自國家安全法施行之日施行。本細則修正條文自發布日施行。